मिशन के मुख्य उद्देश्य निम्नलिखित हैं :
 
( i ) प्रत्येक राज्य/क्षेत्र के तुलनात्मक लाभ और इसके विविध कृषि मौसम विशेषताओं के साथ सामंजस्य रूप में क्षेत्र आधारित स्थानीय विभेदीकृत रणनीति के माध्यम से, जिसमें अनुसंधान, प्रौद्योगिकी प्रोन्नति, विस्तार, फसल कटाई के बाद का प्रबंध, प्रसंस्करण और विपणन शामिल है, बागवानी क्षेत्र की सर्वागीण वृद्धि प्रदान करना है;
( ii ) बागवानी उत्पादन में वृद्धि करना, पोषण सुरक्षा में सुधार तथा किसानों के लिए आय सृजन में सहायता करना;
( iii ) बागवानी विकास के लिए चल रहे अनेक तथा योजनावद्ध कार्यक्रमों को आपस में सहक्रियाशील रूप में सहयोगी बनाना तथा इन्हें दूसरे की ओर अभिमुख होकर काम करने के लिए प्रोत्साहित करना;
( iv ) पारंपरिक समझ के सीवनहीन रूप से मिल जाने और आधुनिक वैज्ञानिक जानकारी के माध्यम से प्रौद्योगिकियों के बढ़ावा देना, विकसित करना और इनका प्रसार;
( v ) कुशल और अकुशल व्यक्तियों, विशेष रूप से बेरोजगार युवा वर्ग के लिए रोजगार सृजन के अवसरों का निर्माण करना;